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TCGA数据库

TCGA数据库,肿瘤基因组图谱计划,提供了一个大型的癌症研究参考数据库!

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简介

TCGA数据库即肿瘤基因组图谱计划,由美国国家癌症研究所(NCI)和国家人类基因组研究所(NHGRI)合作建立,通过收集整理多种癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的癌症研究参考数据库,包括:ClinicalmRNAmicroRNACopyNumberMutationProteinMethylation与Proteome等。

TCGA数据库官网:https://portal.gdc.cancer.gov/

TCGA数据库TCGA数据库中正常样本数量较小或没有正常样本的肿瘤类型进行后续分析会非常受限,若继续进行差异分析,则需要增加正常样本的数量。实际应用中常通过三种方式处理:Gtex联合分析(非正常死亡人数据)、不做Tumor_Normal差异分析、从GEO数据库找T_N数据做差异分析,差异基因在TCGA进行生存分析。

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